น้ำดิบที่จะส่งเข้ากรองด้วย RO เมมเบรนนั้น จะต้องมีคุณภาพดี ไม่มีสิ่งแขวนลอยที่จะเข้าไปอุดตันเมมเบรน ต้องไม่มีเชื้อแบคทีเรียเข้าไปติดค้างเจริญเติบโตและทำลายเมมเบรน ต้องไม่มีสารเกลือแร่ที่จะเกิดการตกตะกรันเคลือบผิวหน้าเมมเบรน ต้องไม่มีคลอรีนหลงเหลือ ซึ่งสามารถทำลายเมมเบรนด้วยการเกิดออกซิเดชัน และต้องไม่มีสารประเภทไขมันเข้าไปอุดตันและทำลายเมมเบรน การป้องกันสิ่งต่างๆสามารถทำได้ดังต่อไปนี้
1. การกำจัดสารแขวนลอย ในการวัดว่าน้ำมีความสะอาดพอที่จะส่งเข้ากรองใน RO เมมเบรนโดยที่ไม่ทำให้เกิดการอุดตันนั้น คือ “ Silt Density Index” หรือ SDI การหา SDI ค่า SDI ของน้ำดิบที่เหมาะสม ไม่ควรเกิน 5.0 เมมเบรนบางชนิดอาจจะกำหนดไว้ไม่เกิน 3.0
2. การกำจัดแบคทีเรีย แบคทีเรียหรือสารชีวภาพ ( Biological Matters) จะก่อให้เกิดปัญหากับผิวของ RO. เมมเบรน ซึ่งจะเกิดการเกาะจับตัว ( Fouling ) และเกิดการย่อยสลายผิวของเมมเบรน เนื่องจากวัสดุที่ใช้ทำเมมเบรนนั้นเป็นพวกสารอินทรีย์ จะมีผลทำให้ประสิทธิภาพการกรองและการสกัดสารละลายต่ำลง วิธีการกำจัดแบคทีเรียที่นิยมใช้มีอยู่ด้วยกันดังนี้ คือ
2.1 การฆ่าด้วยคลอรีน การเติมคลอรีนให้มีคลอรีนอิสระเหลืออยู่ประมาณ 0.5 มก./ล. จะทำลายสารชีวภาพได้อย่างมีประสิทธิภาพ แต่ถ้าคลอรีนอิสระหลุดเข้าไปใน RO. เมมเบรนแบบ TFC แล้ว ก็จะทำลายผิวเมมเบรน
2.2 การฆ่าด้วยรัวสี UV เป็นวิธีการที่นิยมกันแพร่หลาย เนื่องจากจะไม่เกิด Byproducts ขึ้นมา รังสี UV ที่มีประสิทธิภาพในการฆ่าแบคทีเรียดีที่สุด มีความยาวคลื่นแสงที่ 254 Nanometers (nm) และความเข้มข้นของแสง UV ในการฆ่าที่มีผลดีจะอยู่ระหว่าง 40-80 Microwatts/cm2 –Second การฆ่าจะให้ผลดีที่สุดถ้าน้ำใสสะอาดปราศจากสารแขวนลอย
3. การกำจัดคลอรีน การมีคลอรีนอิสระเข้าไปในเมมเบรนจะเกิดการออกซิเดชัน ทำให้ผิวเมมเบรนเสื่อมคุณภาพ การกำจัดคลอรีนทำได้โดย
3.1 เติมสารละลาย Sodium Bisulfite ( NaHSO3 ) ลงไปในน้ำก่อนเข้า RO คลอรีนจะถูกออกซิไดซ์เป็นเกลือคลอไรด์
3.2 กรองด้วยถ่านกัมมันต์ ซึ่งคลอรีนจะถูกดูดซับไว้ด้วยถ่านกัมมันต์ และวิธีการนี้อาจจะมีข้อเสีย คือ ถ้าแบคทีเรียถูกทำลายไม่หมด และตกค้างอยู่ในชั้นถ่าน ก็จะเจริญเติบโต ทำให้เกิดปัญหาตามมาอีก
4. การกำจัดน้ำมันและไขมัน น้ำมันและไขมันเมื่อเข้าสู่เมมเบรน จะทำลายผิวหน้าของเมมเบรนให้เสื่อมคุณภาพเช่นเดียวกัน